Le traitement des déchets se fait au rythme du fonctionnement de l'entreprise de restauration, ou de transformation.
En fonction de la qualité des déchets organiques insérés dans L'Éco-Digesteur, celui-ci prendra entre 3 heures et 24 heures pour traiter les restes de nourriture.
Les déchets alimentaires sont insérés dans une cuve, où grâce aux micro-organismes inclus, la température s’élève à 70° et sont brassés. Ils se réduiront en 24 heures sous l’action d’une fermentation accélérée thermophile et aérobie jusqu'à 10% de leur volume initial.